Wichtiger Bestandteil des NGP ist seine Projektbegleitende Arbeitsgruppe (PAG). Diese setzt sich aus Vertretern der Fördermittelgeber, der relevanten Behörden z. B. Naturschutzbehörden, Vertretern der Landwirtschaft, der Gemeinden und Landkreise, des Forstes, des UNESCO-Biosphärenreservats Rhön, des Tourismus und der Regionalvermarktung zusammen und hat die Aufgabe die geplanten Maßnahmen und Zielvorstellungen, die mit dem Projekt umgesetzt werden sollen, abzustimmen. Grundlage für die Abstimmung sind der Pflege- und Entwicklungsplan (PEPL) und die sozioökonomische Studie, die im Rahmen der Phase I des Projekts (2020-2024) erarbeitet werden. Dabei bildet der PEPL die naturräumliche Ausstattung des Projektgebiets mit seiner Tier- und Pflanzenwelt ab, zeigt Probleme und Handlungsbedarfe auf und entwickelt Maßnahmen zur naturschutzfachlichen Aufwertung der Lebensräume. Die sozioökomische Studie dagegen beschäftigt sich mit den Akteuren im ländlichen Raum, insbesondere den Bewirtschaftern und anderen Flächennutzern, ermittelt deren Situation, Schwierigkeiten und Interessen, um dadurch einen bestmöglichen Rahmen für die Umsetzung des Naturschutzgroßprojektes zu schaffen. Dazu werden u.a. mit Bewirtschaftern und Forstämtern Gespräche geführt.
Bei der dritten Sitzung der PAG im Oktober 2022 war das Einberufen von Arbeitskreisen (AK), die die Maßnahmengestaltung und den „Fahrplan“ für Phase II, also die Umsetzungsphase des Projektes aktiv und intensiv mitgestalten sollen, ein wichtiges Thema. Allen voran sollen hier die Flächenbewirtschafter zu Wort kommen, um eigene Vorstellungen einfließen zu lassen. Aber auch die Fachbehörden werden eine große Rolle bei der Entwicklung der Projektziele spielen. Konkret soll ein Arbeitskreis zum Thema „Extensive Tierhaltung“ und ein Arbeitskreis „Ulster“ gegründet werden. Auch der Forst und die Jägerschaft sollen in geeigneter Form einbezogen werden. Zusätzlich steht im Raum einen AK Arten- und Biotopschutz ins Leben zu rufen.
Neben der Diskussion um die Arbeitskreise wurden vorrangig der Stand der PEPL-Erstellung und der sozioökonomischen Studie besprochen. Dafür waren die beiden beauftragten Büros vor Ort, um die PAG-Mitglieder zu informieren.
Im Laufe des Jahres 2022 konnten fast alle für die Erstellung des PEPLs notwendigen Kartierungen abgeschlossen werden. Erfreulicherweise wurden unter anderem die Sumpf- und die Alpenspitzmaus, die Haselmaus und der Feuersalamander nachgewiesen. Nicht gefunden wurden dagegen die Zielarten Geburtshelfer- und Kreuzkröte.
Die PAG-Mitglieder beschäftigten sich intensiver mit den Planungen entlang der Ulster, da hier die Landwirtschaft Flächenverluste befürchtet. Auch das anstehende Flurbereinigungsverfahren entlang der Ulster wird von der Landwirtschaft nicht ganz ohne Sorge gesehen. Ziel des Verfahrens ist es die Flurstücke entlang des Flussverlaufes neuzuordnen und in diesem Rahmen notwendige und sinnvolle Naturschutzmaßnahmen, entlang des Fließgewässers und ggf. der angrenzenden Aue mit zu berücksichtigen.
Generell ist sich die PAG einig, dass die Beteiligung der Landwirtschaft an der Planung der Maßnahmen von bedeutender Rolle ist. Das abgeschlossene Naturschutzgroßprojekt Thüringer Rhönhutungen ist ein Positivbeispiel für die konstruktive Zusammenarbeit zwischen Landwirtschaft und Naturschutz.
Bei der am Folgetag stattgefundenen Exkursion konnten sich die PAG-Mitglieder ein Bild von der Situation an der Ulster bei Schleid und am Sissenberg (unweit von Point Alpha) machen. Vor Ort wurden denkbare Maßnahmen vorgestellt und diskutiert.